主要从事碳氮生物地球化学、稳定性碳氮同位素生态学和分子生物学方面的研究。沿着中国东部南北样带（NSTEC）和中国草地样带（CGT）上典型森林和草地生态系统构建氮沉降模拟控制试验研究网络，主要开展以下5个方面的研究：1）生态系统稳定性碳氮同位素富集过程及其对氮沉降增加的响应机理；2）大气氮沉降在生态系统的运移规律及其对生态系统碳固定的贡献；3）土壤－大气界面CO₂, CH₄和N₂O通量产生、消耗及其对增氮响应的微生物学机理；4）大气氮沉降对土壤有机质组成和稳定性影响的生物化学机理；5）大气氮沉降对群落多样性和生态系统功能的影响。主持2项国家自然科学基金面上项目，1项地理所“秉维”优秀青年人才基金，承担科技部973项目专题3项，国家基金委重大/重点项目专题3项，以及其它7项课题。

自2000年以来，以土壤碳氮耦合循环为主要研究方向，利用分子生物学、同位素示踪和生态系统过程模型等手段，重点研究了土壤侵蚀和大气氮沉降对陆地生态系统“失踪碳汇”分布的影响，在土壤再分布过程与流域模拟、稳定性碳氮同位素富集理论、土壤碳氮耦合循环及其对增氮的响应机理等方面取得了一系列创新性研究成果。发表论文90余篇，SCI收录32篇，参写专著4部。部分研究被美国EPA Nitrogen Newsletter和Science Letter Hot Topics报道。

代表性论著（*为通讯作者）

　　1. Fang Huajun, Cheng Shulan, Lin Erda, Yu Guirui, Wang Yongsheng, Xu Minjie, Dang Xusheng, Li Linsen, Wang Lei. Stimulation of microbial activity reduces contents of water-extractable organic carbon in an agricultural soil under elevated atmospheric carbon dioxide concentrations. Biogeochemistry, 2014, in press.

2.Fang Huajun, Cheng Shulan, Yu Guirui, Xu Minjie, Wang Yongsheng, Li Linsheng, Dang Xusheng, Wang Lei, Li Yingnian. Experimental nitrogen deposition alters the quantity and quality of soil dissolved organic carbon in an alpine meadow on the Qinghai-Tibetan Plateau. Applied Soil Ecology, 2014, 81:1-11. 10.1016/j.apsoil.2014.04.007.

3. Wang Yongsheng, Cheng Shulan,Fang Huajun*, Yu Guirui, Xu Minjie, Dang Xusheng, Li Linsen, Wang Lei. Simulated nitrogen deposition reduces CH₄ uptake and increases N₂O emission from a subtropical plantation forest soil in southern China. Plos One, 2014, doi: 10.1371/journal.pone.0093571.

4. Fang Huajun, Cheng Shulan, Yu Guirui, Yang Xueming, Xu Minjie, Wang Yongsheng, Li Linsheng, Dang Xusheng, Wang Lei, Li Yingnian. Nitrogen addition changed the composition and stability of soil organic matter in an alpine meadow on the Qinghai-Tibetan Plateau. European Journal of Soil Science, 2014, doi: 10.1111/ejss.12154.

5. Wenping Sheng, Guirui Yu, Huajun Fang, Yingchun Liu, Qiufeng Wang, Zhi Chen, and Li Zhang. Nitrogen deposition influences the regional pattern of foliage ¹⁵N natural abundance in eastern China. Scientific Reports, 2014, 4: 4249. DOI: 10.1038/srep04249.